Anders als sein weißer Verwandter ist der Schwarzstorch ein Kulturflüchter. Sein Lebensraum sind Wälder. Schwarzstörche sind sehr scheu und störungsanfällig. Die Bestände waren fast erloschen. Heute erholt sich der Bestand. Moderne Waldbewirtschaftungsmodelle, die in erheblichem Maße Naturschutz und ökologische Belange berücksichtigen (z. B. LÖWE in Niedersachsen) haben zur Erholung der Bestände maßgeblich beigetragen. Im Gegensatz zum Weißstorch, “klappert” der Schwarzstorch nur äußerst selten.